Frågan om huruvida friskolor skall få finnas i det svenska samhället har länge varit en fråga som debatterats i svenska media. Där man å ena sidan velat främja individens rätt till utbildning inom sin egen kultur eller religion så har man å andra sidan ökat segregationen i samhället, vilket ofta yttrat sig i att invandrarbarn inte fått växa upp som svenskar. Under senare år har ett antal skandaler brutit ut där det visat sig att muslimska flickor inte fått delta i vissa sporter och att barn av andra trosåskådningar inte tillåtits inträde i skolorna.
Enligt ett antal undersökningar så får barn som går i friskolor en såpass annorlunda utbildning att de kommer ut i samhället som icke-integrerade medborgare. Även om de följt samma läroplan som barn som gått i allmänna skolor så har de samtidigt fått lära sig andra värderingar vad gäller kön, jämlikhet och individuell frihet att de har svårt att anpassa sig. Detta är inte bara handikappande för individen själv utan även för samhället i allmänhet. Tyvärr är det ofta en fråga om religiösa inställningar, där det egentligen inte är trosåskådningen i sig som håller eleven tillbaka utan de traditionella värderingar som kommer med den.